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# 蛋白的研究路径 TF → 已知 DNA 结合 motif → 荧光素报告基因、ChIP 非 TF → 找蛋白 - 蛋白互作 其他的蛋白结合对象 # 蛋白 - 蛋白实验手段 # 质谱 查蛋白身份证 # co-IP 材料 ProteinA、G → 磁珠、琼脂糖珠（ beads ） WB 相关材料 目标蛋白抗体 …… 目的 纯化蛋白 研究互作 研究修饰 可靠性 正反拉 阴性对照 只加珠子不加抗体 IgG 替换抗体 阳性对照 IP 抗 A 拉 A， WB 抗 A 检 A 看图 Input - 沉淀完的蛋白样品 IP - 沉淀靶蛋白的抗体 IB -...
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# lncRNA 核心思想：lncRNA 的研究思路其实跟原来做蛋白是一样的，蛋白能干的事、能介导的功能、能产生的分子机制， lncRNA 一样都能参与其中。 # 调控类型 转录环节的调控 DNA 甲基化 招募蛋白 抑制蛋白 不依赖蛋白的转录抑制 抑制转录复合物和 RNA 酶 染色质的修饰 转录后的调控 通过结合 mRNA 影响可变剪切 影响 mRNA 的出核转运 调控 mRNA 的稳定性 结合特定蛋白靶向 mRNA 翻译后的调控 各种翻译后修饰 调节蛋白的细胞定位 # 四种模型 Signal lncRNA 特有的跟蛋白不一样的作用形式 顺式调控（...
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# 一些概念 # 剪接 去除内含子将外显子连接起来成为成熟 mRNA 的过程称为剪接（ splicing ） # 剪接异构体 同一个前体 mRNA 通过不同的剪接方式产生不同的 mRNA 剪接异构体（ transcript variant ） # 转录本亚型 这种同一个基因翻译出来的亲兄弟，也被称为不同的转录本亚型（ isoform ） # 可变剪接的查询 NCBI UCSC ensembl # 基因选择 最好的数量是 2 个或者 3 个已知转录本 不同转录本编码同样的蛋白，但是 mRNA...
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# 细胞交互 细胞交互的核心是给分子机制带来两面性，需要照顾到两种细胞两套机制的嵌套操作。 # 文章变量变化 表型嵌套 多元变量 直接机制 多元细胞体系 # 关键逻辑环节 选择前人开发好的成熟细胞交互模型。 什么细胞调控了什么细胞？ donor & recipient 受体细胞更重要 一般只涉及二元调控 细胞交互的途径是什么？ 通过细胞接触 细胞膜受体感受信号 与信号通路模式相似 单独信号分子 直接从细胞分泌的分子 蛋白、小分子、代谢产物 信号分子 ＋ 载体 囊泡（ Vesicle ）运输 囊泡运输非编码 RNA →...
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16 字口诀：细胞交互、 横纵兼容、分泌吸收、跨越回复 # 数据扩充 单从受体细胞的效应途径看， miRNA 介导靶基因调节的研究设计和数据套路荧光素酶报告基因实验，以及反正正、反反反的 Rescue 是一致的，也符合结合位点验证规则。但是因为涉及到了 2 种细胞的交互作用，可想而知数据内容上会有不小的扩充： 供体细胞里 miRNA 的表达情况 miRNA 分泌情况 包裹在囊泡中的 miRNA 是否被受体细胞吸收 # 套路概述 上半部 供体细胞在疾病中介导主变量 miRNA 的表达改变 检测细胞培养上清中分泌的囊泡数量以及内含的 miRNA...
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细胞交互的半套机制，就是从哪里来到哪里去的问题只研究一半： 研究一种供体细胞的病理过程，说明这种病理过程中会释放某个循环分子，这个分子可以作为疾病的 Biomarker 先提出发现了一个分子伴随疾病的发生有特异性表达增高的现象（一般是研究增高，致病因素），先说明这个分子可以作为 Biomarker ，然后研究某一种受体细胞接受了这个信号分子之后发生与疾病相关的表型过程。 上述能比较好的在临床资源中筛选到。 # 半套研究模式 量力而行。低分的文章没有必要执着于跟主变量关系相对远的机制细节。 蛋白修饰：忽视上游激酶 DNA 甲基化：忽视上游甲基化酶 RNA 修饰 …… # 套路步骤 #...